Quand Thomas reprend connaissance, il est pris au piège avec un groupe d´autres garçons dans un labyrinthe géant dont le plan est modifié chaque nuit. Il n´a plus aucun souvenir du monde extérieur, à part d´étranges rêves à propos d´une mystérieuse organisation appelée W.C.K.D. En reliant certains fragments de son passé, avec des indices qu´il découvre au sein du labyrinthe, Thomas espère trouver un moyen de s´en échapper.